Kontajnerové domy sú postavené hlavne s oceľovými konštrukciami. Pri dlhodobom používaní vonku môžu byť oceľové komponenty ovplyvnené dažďom, vlhkosťou, soľnou hmlou a zmenami teploty. Preto je ochrana proti korózii a hrdzi dôležitým faktorom ovplyvňujúcim životnosť kontajnerových stavieb.
Rôzne regióny majú rôzne podmienky prostredia, ktoré ovplyvňujú rýchlosť korózie ocele. Niektoré pobrežné oblasti v Austrálii a na Novom Zélande majú vyššie hladiny soli vo vzduchu, čo môže urýchliť koróziu na exponovaných kovových povrchoch. V niektorých častiach Spojených štátov môže vysoká vlhkosť a časté zrážky zvýšiť riziko hrdze. V Kanade môžu nízke teploty, sneh a opakované cykly zmrazovania a rozmrazovania ovplyvniť trvanlivosť ochranných náterov.
Pri domácej výrobe kontajnerov sa ochrana proti korózii zvyčajne začína prípravou povrchu ocele. Po rezaní a zváraní je potrebné povrch ocele vyčistiť, aby sa odstránila oxidácia, zvyšky po zváraní a iné nečistoty, čím sa zabezpečí správna priľnavosť ochranných náterov. Zvláštnu pozornosť si vyžadujú zvárané oblasti, rezné hrany a spojovacie body, pretože tieto oblasti môžu počas spracovania stratiť svoju pôvodnú ochrannú vrstvu a môžu sa stať skorými bodmi korózie, ak nie sú správne ošetrené.
Náterový systém je potrebné zvoliť podľa aktuálneho prostredia aplikácie. Pre všeobecné vonkajšie použitie sa bežne používa kombinácia základného a vrchného náteru. Pre pobrežné oblasti, oblasti s vysokou vlhkosťou alebo miesta so silnejším vystavením korózii sa zvyčajne zvažujú nátery so zlepšenou odolnosťou voči poveternostným vplyvom a ochranou proti korózii.
Okrem ochrany povrchu ovplyvňuje konštrukčný dizajn aj korózne vlastnosti. Správny dizajn drenáže, zmenšenie oblastí, kde sa môže hromadiť voda, a zabránenie dlhodobému vystaveniu vlhkosti v oceľových spojoch môže pomôcť znížiť riziko korózie.
Pri projektoch kontajnerových domov vyvážaných do Austrálie, Nového Zélandu, Spojených štátov a Kanady musia riešenia ochrany proti korózii zohľadňovať miestne klimatické podmienky, dopravné prostredie a konečné miesto inštalácie.